由於駐屯地在京都壬生村，稱為「壬生浪士組」，同年協助818政變有功，獲朝廷賜名「新撰組」。現在京都的壬生寺，還能找到當年的遺蹟；還有新撰組紀念館，下次上京一定要去走走。
1864年6月，長州藩志士計畫在祇園祭前在皇宮放火，暗殺德川慶喜和會津藩主－松平容保，並將孝明天皇帶回長州。不幸事前有人被新撰組逮到，並收出文件和通信，新撰組開始搜查維新志士的行動。
7月8日晚間，長州藩志士－吉田稔麿、北添佶摩、宮部鼎藏、大高又次郎、石川潤次郎、杉山松助、松田重助等七人，齊聚三条大橋附近的池田屋密會，新撰組獲知此事後向幕府求援，但增援卻遲遲未到，近藤勇、沖田總司、永倉新八和藤堂平助率先衝入屋內，其他二十多名新撰組隊員包圍池田屋。
長州志士七人全部遇難，後來被稱為「殉難七人」，而本來也要參予密會的桂小五郎，則因先到對馬藩邸小睡而逃過一劫。沖田總司則因肺結核在身，據說在打鬥中曾經咳血而退下。
當晚幕府增援3000兵力，到處搜捕京都的維新志士，志士死的死、逃的逃。新撰組也因「池田屋事件」而聲名大噪，第二天凱旋回到壬生村總部，還有大批民眾在路旁圍觀。今日京都設有「池田屋跡」。
8月，長州藩獲悉「池田屋事件」事件後，率軍欲奪回京都，在京都、皇宮和幕府聯軍大打一仗，幕府以優勢軍力鎮壓，有諸多長州藩士戰死（禁門之變）。之後維新勢力劇減，但在坂本龍馬四處奔走，在1866年一月，薩摩藩西鄉隆盛才和長州藩桂小五郎（木戸孝允）、高杉晉作等人，在京都薩摩藩邸簽訂「薩長同盟」，亦年，土佐藩也正式加入討幕的行列。
薩長同盟之後，討幕勢力才正式結合，並在各地吹起反攻的號角。接下來幾個月，幕府軍節節敗退，七月，德川家茂死去，幕府軍隊更是從前線撤退，此役是隔年「大政奉還」的重要轉戾點。
高杉晋作在1867年5月17日死去，和沖田總司一樣死於肺結核，那個時代得到這種病之後，通常都活不過5年，墓在山口縣下關市。 坂本龍馬則是在1867年12月10日在京都遭到暗殺，和桂小五郎一樣，靈位後來被迎回靖國神社參拜。
